1.进项税额不足抵扣的税务处理——形成留抵税额
当期应纳税额=当期销项税额-当期进项税额
纳税人在计算应纳税额时，如果出现当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣的部分(即留抵税额)，可以结转下期继续抵扣;
原增值税一般纳税人兼有应税服务的，截止到本地区试点实施之日前的增值税期末留抵税额，不得从应税服务的销项税额中抵扣。
2.扣减当期进项税额的规定
①一般纳税人因进货退回和折让而从销货方收回的增值税额，应从发生进货退回或折让当期的进项税额扣减。——退货扣减不追溯
②对商业企业向供货方收取的与商品销售量、销售额挂钩(如以一定比例、金额、数量计算)的各种返还收入，均应按平销返利行为的有关规定冲减当期增值税进项税额。——平销返利冲进项
③购进货物或劳务事先未确定用于非应税项目，已经抵扣了进项税，发生用途变化不该抵扣进项税的，应将购进货物或应税劳务的进项税额从当期的进项税额中扣减。无法准确确定该项进项税额的，按当期实际成本计算应扣减的进项税额。——不抵改变当期转
3.一般纳税人注销时存货及留抵税额处理
一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
4.纳税人资产重组中增值税留抵税额处理有关问题
增值税一般纳税人(简称“原纳税人”)在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人(简称“新纳税人”)，并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。